藏族人群三代測序高質量參考基因組發布及全基因組結構變異解析完成
2019年10月23日，第二次青藏科考“人類活動與生存環境安全”任務“人類活動歷史及其影響”專題西藏大學歐珠羅布研究團隊，關于藏族人群基因組的最新研究進展發表在國際著名學術期刊《國家科學評論》（National Science Review）上。
研究團隊利用三代長讀長測序技術以及多種輔助組裝技術，從頭組裝了一個高質量的藏族人參考基因組（珠峰1號，ZF1）。相比于目前已有的人類參考基因組，ZF1具有更好的序列連續性和完整性。利用該基因組，研究人員找到了17900個ZF1中發生的大尺度結構變異（Structural Variants，SVs），其中6505個是ZF1，有別于其他兩個東亞人（HX1和AK1）的SVs。功能富集分析發現這些ZF1特有的SVs相關基因的功能顯著富集在一個重要的低氧通路—GTPase活性調控通路上。
通過進一步的群體分析，研究人員發現了一個發生在MKL1基因內含子上的163bp缺失，這個缺失在藏族和漢族群體中表現出顯著的頻率差異，且該缺失與藏族較低的肺動脈壓顯著相關。另外，研究團隊系統評估了藏族基因組中與古人類（尼安德特人和丹尼索瓦人）共享的基因片段，發現ZF1相比于其他東亞個體的基因組有更高的共享片段比例(1.32%—1.53%)。其中一個典型的例子是發生在SCUBE2基因內含子上一個662bp的插入，分析發現該插入在藏族中富集并與藏族的肺功能顯著相關。該基因組是第一個利用長片段序列從頭組裝的藏族人群的高質量參考基因組，并利用該基因組系統解析了藏族人群全基因組水平的結構變異元件數據集，將為今后藏族高原適應的醫學和進化研究提供重要的基礎數據。
ZF1基因組的質量評估以及結構變異解析